中科院动物研究所研究员通过对一只雄性川金丝猴146倍覆盖度的全基因组测序及分析，并以30倍覆盖度对3个相关物种滇金丝猴、黔金丝猴和缅甸金丝猴进行了重测序。研究证实了北部物种（川金丝猴和黔金丝猴）与喜马拉雅物种（滇金丝猴和缅甸金丝猴）约在160万年以前发生了分化；北部物种形成时间约在62万年前，喜马拉雅物种形成时间约在15万年前。

历史演化仰鼻猴属发生在距今100多万年前的更新世时期的中国秦岭地区，一般认为金丝猴的起源与欧亚晚中新世至上新世时期的中猴（一种古老的疣猴）和来自于欧洲的Doliehcpithecus有关。
仰鼻猴最早是分布在横断山脉的一个种，后来由于地质变化发生生殖隔离而演化出4个种，这些物种隔离发生于2.5万年前，由于隔离的时间较短，这些中并不是完全种。依照不同的生态特点，进入高海拔生存的滇金丝猴称为进化上先进种，而越南金丝猴相对最原始，川金丝猴与黔金丝猴亲缘较紧，黔金丝猴相对较原始。

滇金丝猴被人类正式命名和科学记载已经有一百多年的历史。1890年，法国的一支动物采集队到达中国云南德钦，他们在中国云南省西北部的白马雪山开展狩猎活动，通过当时在德钦一带传教的法国传教士比埃特（Monseigneur Biet）的帮助，获得了7只滇金丝猴的标本，并将它们全部运回到法国的巴黎自然历史博物馆。

1897年，著名的法国动物分类学家米尔内·爱德华兹（Milne-Edwards）对这些标本进行了分类研究，对这一物种给出了完整的科学描述。为了纪念比埃特在采获标本时所给予的帮助，米尔恩·爱德华按照林奈创立的双名命名法，将该物种定名为：Rhinopithecus bieti。从此，这一物种便在地球上的物种库拥有了自己的一席之地。滇金丝猴的模式标本于1871年采于云南德钦阿墩子，现收藏在法国巴黎自然历史博物馆。